اصل کار فنجان مکش شیشه خلاء عمدتاً بر اساس اصل فشار اتمسفر و فناوری خلاء است. هنگامی که ساکشن کاپ در تماس نزدیک با سطح شیشه قرار می گیرد، هوای موجود در مکنده از طریق برخی ابزارها (مانند استفاده از پمپ خلاء) خارج می شود و در نتیجه حالت خلاء در داخل مکنده ایجاد می شود. از آنجایی که فشار هوا در داخل مکنده کمتر از فشار اتمسفر خارجی است، فشار اتمسفر خارجی فشاری به سمت داخل ایجاد می‌کند و باعث می‌شود که مکنده محکم به سطح شیشه بچسبد.

به طور خاص، هنگامی که ساکشن کاپ با سطح شیشه تماس پیدا می کند، هوای داخل مکنده به بیرون کشیده می شود و خلاء ایجاد می کند. از آنجایی که در داخل مکنده هوا وجود ندارد، فشار اتمسفر نیز وجود ندارد. فشار اتمسفر خارج از ساکشن کاپ بیشتر از فشار اتمسفر داخل ساکشن کاپ است، بنابراین فشار اتمسفر خارجی نیرویی به سمت داخل بر روی مکنده ایجاد می کند. این نیرو باعث می شود که مکنده محکم به سطح شیشه بچسبد.

علاوه بر این، مکنده شیشه خلاء نیز از اصل مکانیک سیالات استفاده می کند. قبل از جذب مکنده خلاء، فشار اتمسفر در دو طرف جلو و عقب جسم یکسان است، هر دو در فشار معمولی 1 بار، و اختلاف فشار اتمسفر 0 است. این حالت عادی است. پس از جذب فنجان مکش خلاء، فشار اتمسفر روی سطح مکنده خلاء جسم به دلیل اثر تخلیه مکنده خلاء تغییر می کند، به عنوان مثال، به 0.2 بار کاهش می یابد. در حالی که فشار اتمسفر در ناحیه مربوطه در طرف دیگر جسم بدون تغییر باقی می ماند و هنوز 1 بار فشار نرمال است. به این ترتیب، اختلاف 0.8 بار در فشار اتمسفر در دو طرف جلو و عقب جسم وجود دارد. این اختلاف ضربدر ناحیه موثر تحت پوشش مکنده، قدرت مکش خلاء است. این نیروی مکش به مکنده اجازه می دهد تا محکم تر به سطح شیشه بچسبد و اثر جذب پایدار را حتی در حین حرکت یا کار حفظ کند.